Le régime d’Évaluation des Incidences Natura 2000 est la traduction en droit français de l’article 6 de la directive « habitats ».
Il vise à assurer l’équilibre entre préservation de la biodiversité et les activités humaines.

En effet, son principe est de vérifier que les projets analysés ne portent pas atteinte à l’état de conservation des habitats et des espèces d’intérêt communautaire ayant motivé la désignation d’un site (ou des sites) Natura 2000 ou de redéfinir les projets de manière à éviter de telles atteintes.

Cette évaluation doit être proportionnée à l’importance du projet et aux enjeux de conservation des habitats et espèces en présence.
Dans les cas où la réalisation d’un projet induira un effet significatif dommageable aux habitats et aux espèces communautaires et en l’absence de solution alternative, l’autorité décisionnaire doit s’opposer au projet. Seuls les projets d’intérêt public majeur (y compris de nature sociale ou économique) peuvent être autorisés sous certaines conditions strictes et le gouvernement doit en informer la Commission Européenne.

Les projets concernant des sites abritant des habitats ou espèces prioritaires ne pourront être autorisés que pour des motifs de sécurité, de santé publique ou des motifs environnementaux ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public, après avis de la Commission Européenne.

Enfin, il est prévu que l’administration, en dehors des cas prévus explicitement, peut soumettre à évaluation d’incidence Natura des projets susceptibles de porter atteinte aux objectifs de conservation d’un ou plusieurs sites Natura 2000. C’est la « clause de sauvegarde » ou « mesure filet » qui reste exceptionnelle et doit être motivée par l’administration.